Nachhaltigkeit bedeutet die Nutzung eines regenerierbaren Systems auf eine Weise, dass dieses System in seinen wesentlichen Eigenschaften erhalten bleibt. Allgemein beinhaltet der Nachhaltigkeitsbegriff drei Aspekte, die im Drei-Säulen-Modell enthalten sind: ökologische, ökonomische und soziale Nachhaltigkeit. In Bezug auf die Biokraftstoffproduktion bedeutet dies:
Ökologische Nachhaltigkeit:
Die Produktion von Biokraftstoffen ist nachhaltig, wenn sie die Belange des Naturschutzes, der Umwelt – zum Beispiel Artenschutz, Biodiversität – und Klimaschutz beachtet.
Ökonomische Nachhaltigkeit:
Biokraftstoffe müssen so produziert werden, dass im Sinne einer Generationengerechtigkeit auch zukünftig die Grundlage für Erwerb und Wohlstand bestehen bleibt.
Soziale Nachhaltigkeit:
In der gesamten Herstellungskette müssen arbeitsrechtliche und soziale Mindeststandards eingehalten werden.
Von der Nachhaltigkeitsverordnung direkt umfasst sind Fragen der ökologischen und der ökonomischen Nachhaltigkeit. Die soziale Nachhaltigkeit ist über die Zertifizierungssysteme gesichert. Dabei ist zwischen den beiden bisher einzigen Zertifizierungssystemen REDcert und ISCC zu unterscheiden: REDcert gilt ausschließlich für Europa; hier wird davon ausgegangen, dass durch die sonstige Gesetzgebung arbeitsrechtliche und soziale Mindeststandards garantiert sind. Deshalb hat REDcert keine eigenen Anforderungen an diese Standards definiert, um somit Doppelungen zu vermeiden.
Das Zertifizierungssystem ISCC gilt hingegen sowohl für Europa als auch für Drittländer aus denen Importe stammen. Für diese Drittländer hat ISCC Sozialstandards formuliert, die sich explizit an den Standards der Internationalen Arbeitsorgantisation (ILO) der UNO orientieren.
Die Renewable Energy Directive (RED) sieht vor, dass die EU-Kommission dem Europäischen Parlament und dem Rat alle zwei Jahre einen Länder-Bericht vorlegt, in dem jeweils angegeben wird, ob das betreffende Land bestimmte Übereinkommen der ILO einhält (Art. 17, Abs. 7 RED).