Zur Jahrtausendwende schwenkte die Biodieselproduktion in Deutschland auf den Wachstumspfad ein: Zum einen nahm der Absatz von Biodiesel-Reinkraftstoff (B100) stetig zu, zum anderen begann die Mineralölindustrie, Biodiesel zu ihren konventionellen Kraftstoffen beizumischen. Die bemerkenswerte Dynamik dieser Entwicklung machte schnell die Gründung eines eigenen Verbandes der Biodieselproduzenten als wirtschaftliche und politische Interessenvertretung notwendig. Im Jahr 2001 wurde darum der Verband der Deutschen Biodieselindustrie e.V. (VDB) mit Sitz in Berlin gegründet.
Als 2005 auch zwei Bioethanolproduzenten dem Verband beitraten, benannte sich der VDB um und heißt seitdem Verband der Deutschen Biokraftstoffindustrie e.V. (VDB). Von Beginn an bestand eine enge Verbindung mit der Pflanzenölbranche, die den wichtigsten Rohstoff für die Biodieselproduktion bereitstellt. Auf Verbandsebene spiegelt sich diese enge Verknüfung in der Bürogemeinschaft mit dem Verband der Deutschen Oelmühlen (VDOe, heute OVID) wider.
Die Geschichte des VDB ist wechselvoll: Waren 2008 noch 32 Unternehmen Mitglied im VDB, so sind es 2015 nur noch 14. Hauptgrund hierfür war, dass mit der steigenden Besteuerung von reinem Biodiesel (B100) das wichtige Marktsegment der Biodiesel-Reinkrafstoffe fast völlig zusammenbrach. Die im Gegenzug zur steigenden Besteuerung von B100 gesetzlich vorgeschriebene Beimischung von Biodiesel zu herkömmlichem Diesel konnte den Verlust nicht kompensieren, so dass der Absatz von Biodiesel insgesamt zurückging - Insolvenzen waren die Folge.